WebBurrows-Wheeler Aligner. BWA is a program for aligning sequencing reads against a large reference genome (e.g. human genome). It has two major components, one for read shorter than 150bp and the other for longer reads. SAM tools. SAM (Sequence Alignment/Map) is a flexible generic format for storing nucleotide sequence alignment. WebApr 10, 2024 · 重要的是,自带管理软件 conda,它拥有安装,更新,删除,解决包依赖关系的包管理功能。同时,conda拥有环境管理功能,能创建独立运行环境, 使各项目间包环境和版本互不冲突和影响。另外,Conda 还可以管理包括 Bowtie2,FastQC 等软件环境,甚至 R 包环境。
conda安装bowtie2的报错:undefined symbol - CSDN博客
Web如果目的是与相对较短的参考序列(如细菌基因组)非常灵敏的比对,可以使用Bowtie2完成,但您可能需要考虑使用NUCmer,BLAT或BLAST等工具。当参考基因组很长时,这些工具可能会非常缓慢,但当参考基因组很 … Web软件管理器conda. Conda是目前最方便的软件管理器,可以一键安装大多数生物学软件。. 常用的发行版有Anaconda,和miniconda两种。. 一个非常大,一个很小。. 而且每个版 … jecky harvey kojonup western australia
生信学习笔记:用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决
WebJan 1, 2024 · (bactopia-test) rpetit@staphopia:~$ conda create -n bowtie2-latest -y -c conda-forge -c bioconda bowtie2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.3 latest version: 4.9.2 Please update conda by running $ conda … WebMar 23, 2024 · 但是依然会报错。因为出现undefined symbol的根本原因是,tbb有bioconda, main, conda-forge三个版本,conda-forge是最新的结果,而我安装bowtie2用的就是最新的conda-forge, 而非bowtie2构建时候用的bioconda版本。如果我系统没有自带tbb,那么报错就是 symbol not found, 而非undefined symbol。 WebDec 22, 2013 · 已有 63298 次阅读 2013-12-22 13:10 系统分类:科研笔记 安装, 使用, Bowtie, Bowtie2. Bowtie和Bowtie 2的安装和使用详解(step by step) 之前我硕士期间主要做的是 预测蛋白质和ncRNA在细胞中的分布, 即蛋白质和ncRNA亚细胞定位的预测,处理高通量数据的时间不多,都是帮别人 ... jecm lc-ms/ms gold standard